Séquençage et caractérisation génétique

La banane (genre Musa) est une culture économique et alimentaire importante. Les bananiers sont attaqués par de nombreux pathogènes bactériens, fongiques et viraux. L'un des pathogènes viraux les plus importants du bananier est le Banana bunchy top virus (BBTV), qui provoque la banana bunchy top disease (BBTD). En Inde, l'industrie de la banane est confrontée au problème du BBTV depuis la fin des années 1980, lorsqu'une grave épidémie a entraîné des pertes économiques considérables. Le génome du BBTV comprend au moins six composants intégraux de molécules d'ADN circulaire simple brin (cssDNA), chacune d'une taille d'environ 1 Kb. Le BBTV appartient au genre Babuvirusin Nanoviridae, l'une des trois familles de virus à ADN circulaire simple. Il est transmis par le puceron noir du bananier Pentalonia nigronervosa Coq. Les informations sur le BBTV au Kerala sont limitées. Il est essentiel d'isoler et de caractériser le virus qui infecte les cultures de bananes au Kerala. Pour caractériser le BBTV du Kerala, l'ADN-R d'un isolat provenant de différents districts du Kerala a été amplifié par PCR, cloné et séquencé. L'analyse des composants génomiques de l'ADN-R a révélé l'existence de sous-groupes de BBTV au Kerala. Sur la base du DNA-R, les isolats du Kerala appartiennent au sous-groupe du Pacifique Sud.